进入1941年后，冀中平原上的抗日形势变得更加严峻，日伪军经常派兵搜查村庄。为了掩护八路军伤员，军王庄的群众将住在家里的战士认作儿子、兄弟、丈夫，可这种掩护存在一定危险性，并不是长久之计。上级指示，医院工作必须转入地下。于是，杨国藩跟村里的几个干部商议后，在几家群众的房底下挖地道，用了几天工夫，建了一座地下手术室和几个病房。这些建在地下的病房，有的是独立地下室，有的病房与病房相连。为方便照顾病人，通常行动困难的重伤员住在彼此联通的病房中，而轻伤员则住在群众家里，遇到日军搜查，再转入独立病房躲藏。
1942年，在日军“大扫荡”中，有的村庄地道被敌人搜查到，狡猾的敌人向地道里施放毒气，导致不少群众中毒，甚至还有干部和群众牺牲。军王庄吸取外村的经验教训，改进了地道设计样式，并组织群众扩修地道，使整个村的地道四通八达。为了迷惑敌人，在村外一些墓地里挖了许多假坟，坟下与地道相连；在村子枯井、土丘、树丛，设有真假洞口，让敌人难辨真伪；每个洞口都有陷阱、翻板、“窝弓”“线箭”等战斗设备，以及防水、防烟、防毒等安全措施；而在洞内，还有通风孔、了望孔、射击孔，便于通风和防范、打击敌人。
由于周围的伤员不断送往军王庄，日军也听到了风声，将军王庄作为重点搜查对象，派兵围住村子，挨家挨户搜查。日军、汉奸对村里的老百姓威逼利诱，想抓住在此养伤的八路军战士，可村中男女老少个个紧咬牙关，没有一个泄露秘密，出卖同胞。
一次，日军想了一个计策，派汉奸假冒八路军，跑到军王庄混水摸鱼。这三个汉奸穿着便衣，进入军王庄，撞到了一个叫王振江的老人。汉奸们自称是便衣八路，让王振江带路，让他们进入地道找人。王振江却一下识破敌人的阴谋，故意压低声音讽刺道：“到据点里去给日本人磕几个响头，就不用这么担惊受怕了，当汉奸的哪个不是拿脸当腚？！”三个汉奸一听，知道露了馅，当即原形毕露，引来一群伪军，围住王振江便是一阵拳打脚踢。可王振江始终没有说出实情。
1943年，因旱灾连年，庄稼歉收，粮食不足，在军王庄医院治疗的伤员们过着一半糠菜一半粮的日子。最困难时甚至完全断了粮。在极端艰难的条件下，地方抗日干部和群众伸出了援手。一次，县里派人买了一小车柿饼，送到军王庄。村里住的100多名八路军伤员就是靠着这一小车柿饼，熬过半个多月。
饥荒时期的军王庄，群众的生活也过得非常艰难。因为饥饿，就算是村中年轻力壮的小伙子，打一桶水也得两个人抬。还有很多人，只要蹲下身子，就没力气站起来。可群众们听说伤员们断了粮，宁可自己饿着肚子，也要想方设法接济伤员。
一天，村党支部书记王恒昌的老母亲拿出4个鸡蛋，塞到杨国藩手里，让他拿给伤员吃。杨国藩知道，王家没有粮食，而且王恒昌生了病，也需要补充营养，便委婉拒绝了。老人却含着泪说：“可他是支部书记，我是党员，党员要吃苦在先，享受在后……”杨国藩感动得热泪盈眶，万般无奈之下，他只得替伤员们收下这4个鸡蛋。
村子的很多人也都雪中送炭，有的送来一些红萝卜、咸菜，有的送来一小篮青枣，还有的送来了红薯叶、红薯梗、花生皮、棒子核……
杨国藩的老伴将所有能吃的东西攒在一起，碾成面，蒸了3笼团子。开饭后，伤员们却相互推让，谁也不肯多吃。一顿饭下来，只吃了一笼，还剩下两笼团子。
眼看着饿肚子不是办法，杨国藩想了一个主意。一天夜里，他拿着一把短枪，找到邻村一个姓韩的维持会长，要韩会长往指定地点送粮食，否则八路军就将他以汉奸论处，绝不客气。韩会长为了给自己留条活路，照杨国藩的话做了，第一次派人送了100多斤粮食。后来，杨国藩又通过书信的方式，让韩会长送了几次粮。不久，组织上也想办法送来一些粮食，这才让军王庄的伤员们渡过了难关。
设在军王庄的这个医院，药品和器械同样十分缺乏，杨国藩只得带着人，用一个个“土办法”解决困难：没有探针，就把自行车的辐条磨尖代替；没有截肢锯，就用锯铁的锯子代替；药品种类不全，就用芒硝代替硫苦，用中药大黄和苏打制成健胃药……
而伤病员也给予了杨国藩等医生极大的理解与配合。有一次，一个游击队副大队长刘培基左眼负伤，需要摘除，可医院没有麻醉药品，杨国藩为此整日烦恼，不知该如何是好。刘培基却主动提出，三国时期的关云长可以刮骨疗毒，他不比关云长差，可以不用麻醉药。在施行手术中，刘培基双手紧抓手术台边沿，脸上全是汗珠，可从始至终没喊一声疼。等杨国藩做完手术，刘培基才故作轻松状，拿了一根棍子作枪，放在右眼前瞄了一下，满意地说：“行，不妨碍射击。”
就这样，军王庄医院克服一个个困难，医治好了一个个伤员，很多战士在伤好后，又重返前线，为抗日立功。到1944年秋，医院伤员登记簿上已记下600多人的姓名。
抗战时期，冀中平原上建立起来的“地下药房”“地下制药厂”“地道医院”存在的时间并不长，规模也不大，但却真实反映了抗战时期敌我斗争异常残酷的一面，以及根据地军民共赴国难、携手抗日的动人情景。在敌人残酷的“扫荡”和封锁下，根据地不但没有被摧毁，反而越来越强大，并坚持到抗战胜利，也正应了毛泽东那句名言：“军民团结如一人，试看天下谁能敌。”