齐心合力共渡经济建设难关
1949年5月31日，刘少奇起草了《中国人民革命军事委员会关于建立中央财政经济机构大纲（草案）》。大纲建议在革命军事委员会之下，建立中央财政经济委员会，作为管理全国的财政经济机构。中央和刘少奇力请当时还在东北的陈云回京筹建并主持中央财政经济委员会的工作。从这时起，44岁的陈云肩负起主持新中国财政经济工作的重担。
中华人民共和国成立后，刘少奇当选中央人民政府副主席，陈云任政务院副总理兼政务院财政经济委员会主任。由于百废待兴，发展经济成了新中国的首要任务，这样，两人在工作上的交流与合作更多。在刘少奇和中央的支持下，陈云主持了第一个五年计划的编制和执行，迅速恢复国民经济，对粮食、棉花等主要农产品采取统购统销，有步骤地开展对生产资料私有制的社会主义改造，为国家社会主义工业化和社会主义经济建设的开创和奠基做出了突出贡献。
如何破除苏联模式的弊端，使刚刚确立的社会主义经济制度和经济体制更好地适合新中国的实际，促进生产力发展，刘少奇和陈云进行了诸多探索。两人在许多问题上都有共同观点。
1958年，全国掀起全民大炼钢铁和人民公社化的高潮。历时三年的“大跃进”使国民经济受到严重损失。
1962年1月11日至2月7日，扩大的中共中央工作会议即“七千人大会”在北京召开。大会坦承这几年工作中发生的缺点和错误，毛泽东和刘少奇带头检讨、承担责任。在会上，陈云没有发言。陈云其实对经济形势的评估要悲观得多。
“七千人大会”结束后，毛泽东到南方视察，时任中央副主席、国家主席的刘少奇主持中央日常工作。2月21日至23日，刘少奇主持召开中央政治局常委扩大会议，史称“西楼会议”.会上，刘少奇请陈云谈谈，由于对“七千人大会”的一些观点和决策作了大胆修正，陈云的讲话在会上引发了很大反响和不少争论。
会议结束后，在刘少奇提议下，陈云的报告被批转全国。刘少奇还让把陈云近几年对经济工作的讲话、文章，选编一份材料，题为《陈云同志几年来对经济工作的意见》，印发中央一些同志参阅。
“西楼会议”决定恢复中央财经小组，以统管国家经济工作，在刘少奇提议和全力支持下，陈云出任组长。小组成为全国财政经济工作最高的议事和决策机构。此后，中央根据陈云“在恢复阶段，工业只能是放慢速度，进行调整”的意见，坚决搞综合平衡。由于集中精力抓国民经济调整工作，经济建设取得很大成就。
刘少奇的追悼大会上，陈云掉泪了
1962年夏，政治风向再次发生变化，陈云因支持包产到户、主张分田到户，受到不点名批判。加上身体状况时好时坏，陈云实际上离开了工作岗位，中央财经小组交由周恩来主持。
1966年8月，八届十一中全会改组了中央领导机构，陈云在中央政治局常委中的排名从第五降到第十一，即最后一个。他的副主席职务也不再提及。
1968年10月，中共八届十二中全会在极不正常的状况下，通过了江青、康生、谢富治等操纵的《关于叛徒、内奸、工贼刘少奇罪行的审查报告》，决定把刘少奇永远开除出党，撤销党内外一切职务。1969年11月12日，刘少奇在河南开封含冤逝世。
此前的1969年4月，九届一中全会将陈云排除在中央政治局之外，自1933年以来这是第一次。中苏关系趋紧之后，陈云被“战备疏散”到江西，开始了两年零七个月的“蹲点”生活。
1978年12月，陈云在具有历史意义的十一届三中全会上，被增选为中央政治局委员、中央政治局常委会委员、中央委员会副主席，并出任中共中央纪律检查委员会第一书记。
1978年12月，陈云得知刘少奇夫人王光美获释，立刻在家里接见了她。据刘少奇的儿子刘源回忆：“我母亲刚放出来，记得有一次，天气比较冷的时候，我们到了陈云叔叔家，陈云叔叔马上就见了。”陈云告诉刘源，“你父亲的冤案，不是你父亲一个人的，是党和国家的事情。他这个案子是要平反的。”
十一届三中全会后，陈云同邓小平一道，积极推动刘少奇案件的复查和平反工作。
1980年2月23日至29日，中共十一届五中全会在北京举行。经过讨论，全会通过《关于为刘少奇同志平反的决议》，决定：撤销八届十二中全会的决议和相应的文件，恢复刘少奇的名誉；适时举行追悼会；对因刘少奇受株连的人和事，进行复查，凡属冤假错案一律予以平反。
5月17日，刘少奇追悼大会在人民大会堂隆重举行。陈云专程从杭州赶回来参加追悼大会。细心的刘源注意到，一向很少落泪的陈云叔叔在追悼会上流泪了。