蔡元培任北大校长时，对《红楼梦》有着浓厚的研究兴趣，出版了一本专着《石头记索隐》，提出《红楼梦》是一部“政治小说”的概念。其时，蔡元培将比自己小25岁的胡适破格录用为北大教授。胡适看了蔡元培的新书后，却不同意他的看法，认为他这本书都是在生拉硬扯地解读，并不能让人信服。
为了推翻蔡元培的观点，胡适决定找一本叫《四松堂集》的书，这是清代满族诗人敦诚写的诗集，诗作是研究曹雪芹身世生平的第一手资料，但是胡适找了很久都没有找到这本书。就在他求而不得的时候，蔡元培明白他找此书的用意，是要拿来批判自己刚出的新书的。但蔡元培并没有害怕，而是托很多朋友帮忙一起找。终于找到后，蔡元培立马到胡适家里去送书，胡适感动不已。蔡元培说：“我素信学术上的派别，是相对的，不是绝对。所以，即使主张不同，若都是言之成理、持之有故的，就让它们并存，兼容并包。”胡适在对书中的史料记载充分研究之后，写出了《红楼梦考证》一书，毫不客气地指出蔡元培的索隐是牵强附会。由此拉开了红学史上着名的“蔡胡之争”,红学研究也从此分成了两大派：索隐派和考证派。
“蔡胡之争”持续多年，尽管谁也说服不了对方，但蔡元培倾力为胡适找书、支持他考证的举动却尽显大家风范。时人称赞：“蔡元培的举动无异于给敌人送弹药，此等雅量，几人能有？这样容纳异己的雅量，这般尊重学术自由思想的卓见……实所罕有。”