第二天一早，按察使司衙门口来一妇女击鼓喊冤，程国仁立即升堂问案。那妇人30多岁，衣着破烂，自称是霍大友的妻子。程国仁听了霍大友夫妇的供词，认为所供不假，遂差人火速将徐文诰等押解到济南。
审讯时，面对霍大友夫妇和柏永柱的妻子，徐文诰一时难以洗清自己，他一面承认贿赂霍大友顶罪，一面又坚决不承认枪杀柏永柱，一个劲儿地喊“冤枉”。
程国仁越发相信徐文诰是真凶，命衙役上刑，徐文诰很快屈打成招，随即被打入死牢，听候判决。
惊动嘉庆
就在这节骨眼儿上，案情又有了意想不到的变化。历城县捕役近日抓到了一个叫杨进中的盗贼，在审讯罪状时，杨进中供出了同伙人中为首的王大壮、王三壮曾携土枪抢劫徐家楼之事。
狱中的徐文诰得知这一消息，喜出望外，立即写了诉状，申辩自己乃屈打成招，并要求严厉审讯盗贼，称柏永柱被害真相不难见分晓。
程国仁看了诉状，心生疑窦，于是委派济南府知府胡祖福、候补知府钱俊、历城候补知县周承宽三堂会审杨进中。不料，杨进中在会审时推翻了以前的供词，声称是收了历城县衙捕役牛九的100两银子，才在堂上乱说一气的。但传来牛九对证时，牛九死活不承认，还大骂杨进中血口喷人，临死还要拉个垫背的。会审连续几次均无结果，案子更加复杂了。
历城知县郭志青与周承宽是同乡，关系一向不错，郭志青见刑讯他的手下捕役，担心牵连到自己，就对周承宽说：“这个案子真伪灼然，老弟若定要严讯捕役，重刑之下何患无有？如此将置本县于何地？”周承宽听后心领神会，便不再审问牛九，回头专审徐文诰。他为了尽快结案交差，便据情臆断徐文诰拒贼误杀柏永柱等二人，又令徐文诰及护院长工数人逐个承认，不承认者先掌嘴四十，然后跪地七日夜，直到承认为止。于是，周承宽既得到了徐文诰的供词，又得到了徐家护院长工的证词，最后以“疑贼毙柏赂霍顶认”的罪状定案，拟发配徐文诰赴黑龙江为奴，并上报刑部批示。
不久，刑部批文驳回再审。
接到刑部批文，程国仁立即委派候补知县李风主持重审。这李风年轻气盛，意气用事。审讯时，他根据刑部批文臆断徐文诰和他弟弟徐文渊合谋杀害柏永柱等人，逼迫徐文诰承认，并传令拿徐文渊到案。
徐文诰不服，在堂上极力为弟弟辩白。李风大怒，称要砍掉其与其弟徐文渊的首级。徐文诰害怕了，他利用家人探狱之机，密嘱其弟徐文渊速写诉状赴京师都察院控告。
都察院接了状子，见案情反反复复，真假难辨，不敢擅专，便上呈嘉庆皇帝。
嘉庆帝看完状子，对地方官避讳盗贼，严刑逼供的做法甚是恼火，御批道：“太觉可恨，真唐之来俊臣矣（来俊臣是唐武则天的宠臣，以施酷刑着名）。此等官员应正法，断不可恕……”圣旨下传山东，省府县各级官吏，人人震悚。
就在此时，程国仁外调，原直隶总督温承惠降任山东按察使。温承惠原为和珅门生，和珅倒台后，被降职使用。正巧，泰安知县汪汝弼也是和珅的人，两人见面，一拍即合，于是温承惠让汪知县以原勘原审上呈。
山东巡抚和舜武以汪汝弼的呈文上奏朝廷，徐文诰一案似乎可以最后结案了。然而，事情又出了麻烦。
水落石出
起初，温承惠对此案颇为重视，他信赖汪汝弼，无意与原审诸官员为敌。但济南府知府胡祖福自恃升任登莱道，不把温承惠放在眼里，到省不谒臬司，只拜谒巡抚和舜武，温承惠对此嫉恨不已。
胡祖福拜见和舜武时谈及徐案，说，温承惠主持审讯徐案，仍以霍大友顶替凶手，这是徐文诰用钱买出的结果，足见温承惠老于世故。和舜武对胡的话深信不疑。
第二天，和舜武传来该案另一官员赵毓驹。赵毓驹听了巡抚的指责，感到受了莫大的侮辱。赵毓驹回到家里，越想越恼，遂连夜找温承惠倾诉，温听后气怒于胸。
不久，和舜武得急病去世，程国仁回任山东巡抚。程国仁上任后，曲意结纳温承惠，而温却不冷不热。
春去秋来，山东乡试开考，程国仁入闱（试院）监考，而布政使（俗称藩司）又外调他省任主考官。其时，正值东昌府有修河工程，程国仁就派温承惠前往勘察，不想遭到温承惠拒绝，心中愤然，于是写了一份奏折呈嘉庆帝。嘉庆帝阅罢，御批：“温承惠着即革职，饬令回籍，并不准来京逗留。”
温承惠被罢职后，朝廷任命兖沂道童槐为山东按察使，程国仁从此可以指挥自如了。
童槐是一位精于断案的贤吏，他主审徐文诰一案时，一反常法，一面从盗贼杨进中入手，一面派精干马快追捕盗贼首领王大壮、王三壮及众盗贼。将王大壮、王三壮等贼抓到后，童槐又将被告、原告一起提审，并采取先隔离审讯，再当堂对证的办法，最终弄清了徐文诰一案的来龙去脉。
至此，真真假假、沸沸扬扬的徐家楼奇案，总算大白于天下。