暂存大慈寺
不管怎么样，存在汉中的故宫文物陆续运到成都，集中放在大慈寺内。盐商助运的事情暂告一个段落，而成都方面又忙碌了起来。实际上早在从汉中撤运成都之始，成都方面就已经行动起来了，开始寻找和落实储藏之地。
1938年4月24日，文物还在途中，四川省政府就密令“四川省会警察局”秘密查看文物藏身地点，“本府近因重要器物需地屯储，兹查有大慈寺之大雄殿及藏经楼上下两处房屋宽敞，适宜堪以借用”。
但当时寺院并不清楚是什么“重要器物”，虽然答应借用，但佛教友会原先占有的几间房屋却不愿腾让出来。为此，省政府饬令警察局不要迁就教会，要求该院立即“腾出房舍，俾便大慈寺军队移驻”。但寺庙方做事拖沓，一直没有积极响应，而故宫文物马上就要运抵成都。4月26日，四川省政府以“待用孔急，未便任其违延，致误要公”为由，要求警察局“立派要员前往交涉，勒令立即腾出”。
故宫文物搬进了大慈寺后，又面临新的情况，因为寺庙是烧香拜佛之地，极易引发火灾，这不得不让人时刻警惕。
转运峨眉
不管怎么样，故宫文物总算从汉中运到了成都，“综计是次文物迁储，始于一九三八年五月廿六日。其运清期，汉中与褒城有先后，汉中为一九三九年二月廿七日，褒城为同年六月廿七日。本院驻陕办事处，即于褒城文物运清之日裁撤。”也就是说，文物从汉中运到成都花费了9 个月时间，而从褒城入川的文物，前后断断续续总共耗时一年多，有一部分没有在成都停留，直接运到了峨眉。这又是怎么回事呢？
原来进入1939年后，战事又发生了很大的变化，抗战形势对中国极为不利。实际上，就在故宫文物从汉中文庙运走一个月，文庙就被日本人炸毁，文物幸免一难，但这次轰炸让南迁四川的故宫文物蒙上了巨大的阴影。
文物运到大慈寺后，大家仍然没有感到安全，日本人的空袭随时都在威胁着成都。1938年11月8日，18 架日机首次空袭成都，轰炸外北机场及外南机场，在南门炸死卫兵1人，炸伤3 人。这一炸，人心惶惶。故宫博物院就想到如果把所有的文物都集中于大慈寺，一旦目标暴露，就会非常危险，所以就有人提出鸡蛋不要放在一个篮子里，最好是在离成都几十里外的新津再找一个储存的地方，分藏文物。
1939年1月30日，故宫博物院给四川省政府发去了渝二字第11 号公函，请求转令新津县政府商借玉清道院（即现在的新津县纯阳观）存储文物并协助办理。2月6日，四川省政府就函复照办，该庙的修缮工作很快就开始进行。
但不到半月，情况又发生了变化。1939年3月10日，故宫博物院召开第三届第二次常务理事会会议，决定停止新津玉清道院的修缮，所有文物迁往“嘉定一带觅洞存放。限一个半月办竣”。
从1939年开始，抗日情况更为严峻，日军开始疯狂轰炸重庆。1939年4月，马衡院长接到行政院命令，要求水路到重庆的文物需三个星期内运离重庆，而存在成都的文物限5月底运往峨眉。当时的情况是陕西运往成都的文物还有一小部分未运完，只有直接运到峨眉，“是时运到成都文物，计已入库者，六五九五箱，又行提出复行峨眉；其余六九一箱，则随运到而随转，不再入库。成都已成为一转运站矣”。
在转运峨眉的过程中，打前站的工作也在马不停蹄地进行，首先是护卫工作。1939年4月28日，故宫博物院给四川省政府发去公函，请求沿路的安全保护防卫；5月1日，四川省政府为了落实故宫文物的安全问题，给成都到峨眉沿途的华阳、双流、新津、彭山、眉山、青神、夹江、峨眉等县发出训令，要求它们执行保护任务。
故宫文物从成都运往峨眉是从1939年5月17日开始的，采用的是分程接运的办法，在彭山设立转运站。使用的汽车“以中国联运社车辆为主，而辅以新绥汽车公司车辆。计运三三批，用车一三四辆，装文物三零二三箱”。这段运输只用了一个月时间，比较顺畅，看得出成都—峨眉段的路况明显好于汉中—成都段。
1939年6月24日，成都大慈寺的文物全部运到了峨眉，但陕西方面还在源源不断地转运之中。于是故宫博物院给四川省政府去了一封公函，告之由陕运到四川的文物不再停留成都，并归还租用的大慈寺库房。
到 1939年7月11日，七千多箱珍贵文物终于一路颠簸全部到达峨眉，存放在峨眉县城东门外大佛寺（现峨眉二小）和西门外武庙（现峨眉一中）。国宝刚转走，成都就被轰炸，1939年6月11日，日本海军第二联合航空队出动飞机轰炸成都，在成都投弹111 枚，轰炸了盐市口、东大街、东御街等一带，炸死无辜百姓226人，损坏房屋6075 间，被炸的地方离大慈寺最近的不足五百米。但奇怪的是，在汉中和成都，故宫文物都在危急之时化险为夷，仿佛在冥冥之中有神相助。
关于故宫文物南迁北路从宝鸡到峨眉这一段的经历，那志良在《故宫博物院三十年之经过》中写道：
在二十八年上半年这一时期，川陕段的运输，路线拉得太长了。北起陕西褒城，南达四川峨眉，全线长达七百多公里，有褒城、广元、成都、彭山、峨眉五个站，统由驻蓉办事处管理，而职员仅有六人。除主任外，每人各守一个岗位，办理一切发箱、收箱、装车、卸车及一切事务上的职务，各人工作的紧张，是可以想见的。
在故宫文物南迁的三条运输线中，北线是路途最漫长的，路途条件也是最为艰险的。从宝鸡到峨眉，实际是穿越了传统意义上的由北向南的入蜀路线，蜀道难在北线迁移中体现得淋漓尽致。