在80 余年的生涯里，牛顿只是在前40年做科学，后40 年是在钻研“炼金术”和注释《圣经》。1936 年，一位经济学家在拍卖行购得一箱子牛顿的文件，吃惊地发现这些材料的绝大部分和力学、光学、天体运动无关，而是针对如何将贱金属变成贵金属的研究。牛顿自学了希伯来文，用来研究耶路撒冷古代所罗门王神殿的平面图，他认为图里隐藏着线索，从中有望解读基督二次降临和世界末日的日期。
天才的个性往往不同寻常。若论个性，牛顿很可能是个怪人。他终身未娶，离群索居。科学家为人的一项重要考验，在于如何对待合作或者竞争伙伴，尤其是如何对待旗鼓相当的同行。
略年长于牛顿的罗伯特·胡克——他也是17 世纪英国最杰出的科学家之一，在力学、光学、天文学等多方面都有重大成就。使他出名的只是关于弹性体变形的“胡克定律”，但其实他的贡献极为广泛：他设计制造了真空泵、显微镜和望远镜，发现光波是横波，“细胞”这个名词也是他创造的，甚至在城市设计和建筑方面也有重要的贡献，以至于有“英国达·芬奇”之称。
1679 年，罗伯特·胡克写信给牛顿，提出天体的运动有中心引力拉住，而引力与距离的平方应成反比。因此，地球表面抛体的轨道应该是椭圆形，而不像牛顿所说，抛体的轨迹是一条螺旋线，最终将绕到地心。牛顿对此没有复信，但是接受了罗伯特·胡克的观点。当1686 年牛顿将载有万有引力定律的《自然哲学的数学原理》（卷一）的稿件送给英国皇家学会时，罗伯特·胡克希望牛顿在序言中能对他的劳动成果也“提一下”，但遭到牛顿的断然拒绝。后来罗伯特·胡克控告牛顿剽窃他的成果，但是没有结果。1703 年罗伯特·胡克去世后不久，牛顿当上了英国皇家学会的会长，他将英国皇家学会中罗伯特·胡克的实验室、图书馆全部解散，罗伯特·胡克所有的研究材料均被销毁。其实，罗伯特·胡克和牛顿的纠葛从光学研究时期就已开始，牛顿主张光学微粒说，而罗伯特·胡克认为光是波，牛顿在皇家学会曾遭到罗伯特·胡克的严厉抨击，可以说那时他们俩已经结怨。故而牛顿等到罗伯特·胡克过世后方才发表自己的《光学》一书，尽管该书大部分内容早已完成。
更加着名的是牛顿和德国的莱布尼茨之争：究竟是谁首先发现了微积分。这场争论持续了相当长的一段时间，造成英国和德国，甚至和欧洲大陆数学家之间的长期对立，也使得英国的数学研究停滞了一个多世纪。