1929年6月，中共红四军第七次代表大会在福建龙岩召开，会议由陈毅主持。会上错误地否定了毛泽东提出的党对红军领导必须实行集权制（当时对民主集中制的称谓）和必须反对不要根据地的流寇思想的正确意见。会议认为，毛泽东是前委书记，对争论应多负些责任，给予党内“严重警告”处分。大会改选了红四军党的前敌委员会，由于中共中央指定的前委书记毛泽东没有当选，陈毅被选为前委书记。毛泽东在最后发言时平静地表示：要加强军队的政治领导，加强党对红军的领导，军队要做群众工作，要打仗，要筹款。“至于会议对我个人有许多批评，我现在不辩，如果对我有好处，我会考虑，不正确的，将来自然会证明他这个不正确。”
会后，毛泽东被迫离开红四军的主要领导岗位，以红四军前委特派员的身份到闽西特委指导地方工作。
毛泽东在闽西将社会调查作为中心工作，在7月召开的中共闽西第一次代表大会通过的《土地问题决议案》，比井冈山的《兴国土地法》又有新的发展：对大小地主区别对待，对地主也“酌量分与土地”；对富农土地只没收“自食以外的多余部分”，“不过分打击”；对中农“不要予以任何的损失”；“对大小商店采取一般的保护政策”。在土地政策上，“抽多补少”，“按人口平均分配”。会后，闽西600多个乡进行土地改革，约80万贫苦农民分得了土地。农民得了土地后，革命热情高涨，积极参加红军，保卫自己的家园。
1929年10月下旬，赴中共中央报告工作的陈毅从上海返回，带来了中共中央对红四军的指示信（即“九月来信”）。信中充分肯定了毛泽东关于建党的基本原则，增强了党内军内的团结，为开好红四军第九次党的代表大会奠定了基础。1929年12月28日，在福建上杭县古田召开了着名的红四军第九次党的代表大会（即古田会议），通过了《中国共产党红四军第九次代表大会决议案》（即《古田会议决议》）等多项决议案，选举了以毛泽东为书记的新红四军前委。毛泽东第二次从政治低谷中走出来，重返党的领导岗位。《古田会议决议》是毛泽东建党建军思想的集中体现，是井冈山时期毛泽东建党建军经验的总结，标志着毛泽东建党建军思想的基本形成。
20世纪30年代，王明等人的“左”倾错误在党内统治长达四年，给党的事业带来了极大的危害。1931年11月召开的赣南会议，他们照搬苏联红军经验，作出取消红一方面军总司令和总政委、总前委书记的决定，这样，就把毛泽东排除在中央苏区红军的领导地位之外。在遭受严厉批判的情况下，毛泽东出任当时相对于军事并不太重要的职务——“中华苏维埃共和国临时中央政府主席”，“主席”的称谓即从此开始。1932年10月召开的宁都会议，他们利用职权撤销了毛泽东红军总政委和前委书记职务，导致毛泽东在党内领导地位第三次跌入低谷。毛泽东的亲属都因株连而遭到打击，长期管文件的贺子珍改当收发，毛泽覃一直挨批，被撤职，并被以开除党籍相威胁。贺子珍的哥哥贺敏学被免去红二十四师代理师长的职务，贺子珍的妹妹、毛泽覃的爱人贺怡，被撤掉瑞金县委组织部副部长的职务。
毛泽东在担任中华苏维埃共和国临时中央政府主席期间，负重前行，做了大量工作，在领导经济建设和政权建设的同时，还展开了查田运动……
“左”倾冒险主义的领导最终导致第五次反“围剿”失败，红军被迫长征。1935年1月，遵义会议结束了王明的“左”倾冒险主义在中共中央的统治，实际上确立了以毛泽东为代表的新的中央的正确领导。这次会议在极端危急的历史关头挽救了中国共产党，挽救了中国工农红军，挽救了中国革命，是中国共产党历史上一个生死攸关的转折点，从此中国共产党和中国工农红军就在毛泽东代表的正确路线的指引下走上了胜利发展的道路。
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遭遇打击和事业低谷，毛泽东采取了“忍”和“等”，“忍耐”是出于对党的纪律的服从，“等待”不是消极地坐等，而是尽最大努力做好影响力范围内的工作。