1699年的第三次南巡则很枝蔓，皇帝不仅带了皇太后佟佳氏，还有多达七个儿子：第一、第三、第五、第七、第八、第十三、第十四。他们3月4日离开北京，但前进得太慢，因此皇帝离开队伍到前方视察河务，3月31日与家人会合，并陪伴皇太后佟佳氏渡过黄河。然后他又离开随行人员，在继续悠闲的行程以前，他乘一只小船详细检查了一些堤防（这次旅行后他下达了关于河道应保持水位的最详细指示）。他们在苏州待了六天，杭州一个星期，江宁一个星期，然后和他们来时一样缓慢地回去，6月14日抵达北京，这次南巡花了一百零二天。
这次南巡皇帝对他的满族身份安心得多，不再提及经典和摆出审美姿态。皇帝在巡视中的主导形象是骑手。4月26日到杭州，皇子和侍卫中最优秀的射手跟随他进行了一些射击，他让他们练习骑射。在第一箭射中靶子以后，他继续做更有难度的表演：他松开缰绳骑马对准靶子，但正当他准备射箭时马受惊急速冲向左方；皇帝迅速改变紧握着的弓的方向，在马疾驰而过时箭击中了靶子。这个场合皇帝显然给众人留下了深刻的印象，而且通过把眼前的事故转变为胜利，他还赢得了额外的名声。1699年南巡也证明皇帝确曾偶尔离开随从，几乎是单独一人与百姓交谈。4月30日和5月1日皇帝在苏州，5月5日在望亭。
1702年皇帝开始第四次南巡，11月14日他带着皇太子胤礽、胤禛（未来的雍正帝）和胤祥（十三子）离开北京。但当他们到达大运河边的德州时，皇太子病得非常厉害。皇帝留在城中等他恢复，用书法和骑射打发时间，并处理出现的行政问题。皇太子病了两个多星期，等他复原时，皇帝决定放弃南巡返回北京。显然皇帝喜爱慈父的角色，如在给正耐心等待他驾临的李煦的谕旨中所写，“不意皇太子偶感风寒，病势甚危，幸而朕留心多方调理，以致痊愈”。
中断的第四次南巡在第二年完成，3月3日，皇帝和同样的三个皇子离开北京。这次快速的巡视只花了五十八天，他们从陆路到桃源县，从水路到扬州，苏州，杭州，江宁，往北到天津。可能由于未来的雍正帝在场，这次南巡在实录中只受到草率的对待。出于未知的原因，他可能涂去了所有涉及在过去巡视中他与官员和其他人接触的内容。
1705年和1707年的最后两次南巡都很悠闲，分别花了一百零八天和一百一十七天。他接见地方官员，视察堤防，评论地方局势，与隐退的学者交谈，赦免税收，宽恕罪行，练习骑射，举行额外测试，犒劳扈从和地方驻军。但鉴于皇帝已如此迅速地在读者心里印下仁慈的形象，我们有必要转到一个插曲上来显示皇帝的另一面。
1707年3月23日，皇帝视察河道，总督张鹏翮为了降低连接黄河和运河的河流水位，建议开凿运河的地点。皇帝很不满意，视察后他命令所有扈从成员，随行文武官员，当地各级官员，张鹏翮以及他的治河官员跪在临时行宫前面。随后他质问张鹏翮依据什么提议开河。张鹏翮没有直接回答，而是说：“我皇上爱民如子，不惜百万币金拯救群生，黎民皆颂圣恩。”听到这话，皇帝严厉批评张鹏翮，提醒他写空幻的文章和管理实际问题大不一样，结束时他说：“河工系尔专责，此事不留心，何事方留心乎？”张鹏翮无言以对，拜伏在地。
两天后皇帝重理政务。他命令所有官员列队跪在河岸上，听他从船中训话。他又一次训斥张鹏翮的无能，并让他尽可能地为自己辩护。张鹏翮摘去官帽请求处罚。皇帝仍不宽恕他，而是大大嘲弄张鹏翮迂腐的言谈，然后做出他自己的决定。结束时他命张鹏翮：“着张鹏翮率领在河能员，确看，定议具奏。”从《大清圣祖仁皇帝实录》中我们得知曹寅当时在场。这个事件必定有效地提醒人们，皇帝总是期待精确的信息。
这些南巡显然是康熙个人统治体系的一部分，与他利用包衣和奏折一样，它们保证他既控制又能绕过正规的官僚机构。但巡视既费时又累人。1707年最后一次巡视后，他的回程走得非常慢，频繁地停下来休息。当时他五十三岁，明显不能忍受南方的炎热，因此很可能曹寅从1708年起递送重要密折是由于皇帝意识到他不再能亲自南巡了。所以从可信任的渠道获取信息就变得更必要了。