所有的新法全数被废除，哪怕改革派官员们用尽力气，边境的国土还是在元佑五年（1090）割掉了四块，西线战火满天，国家财政更是一直在吃老本。史家一直赞美的“元佑更化”，其实是内外交困。等到元佑八年（1093）高宣太后去世，交接到开始亲政的宋哲宗手里的，就是个烂摊子。
接过烂摊子的宋哲宗，第一时间想到的就是章惇。次年四月，即绍圣元年（1094）四月，章惇高调回京，官居尚书左仆射兼门下侍郎，这是大宋一人之下万人之上的“独相”。章惇重任在肩，“绍圣”，正是要继承宋神宗富国强兵的理想。
八年浮沉，章惇也已成竹在胸。颠沛之中，他亲证了民间寒苦，反思了变法中很多不足之处，这次正好可以大展拳脚。在这之前，他还要做另一件大事，要继承变法大业，就要先彻底清算司马光。
章惇翻了司马光割地的老账，把司马光、文彦博、范纯仁一干旧党重臣全部论罪，参与陷害蔡确的吕大防、刘擎等大臣也尽数被办罪，之后几年，司马光的谥号、赠官全被剥夺。又屡兴大案，亲手导演“同文馆狱”，利用文彦博儿子文及甫的一封信，追查旧党企图废黜宋哲宗的传闻，又是一通大清扫。就连高宣太后，章惇本也打算不放过，怂恿宋哲宗追废高宣太后，幸亏被向太后阻止。
如果说当年旧党废新法闹出的是风暴，章惇回敬的却是惊涛骇浪，先后八百三十多家旧党被涉事清算，这段作为，也成了章惇被论为“奸臣”的最主要“罪证”。
后来好多人评价章惇，都对他这段“恶行”大书特书，而另一个重要业绩——治国却被一笔带过。
自从复职以后，章惇改革的过程更注重循序渐进。新法将青苗法的利息降低，市易法则有更严格的法规。元符元年（1098），章惇将《常平免役敕令》颁布全国，里面不但包括了新法的核心内容，还包括了旧党支持的很多有益国策。宰相胸襟，可见一斑。
章惇就任前，大宋内外交困。他执政后没过几年，大宋就府库钱粮充裕。眼看时机成熟，章惇果断和西夏摊牌。绍圣四年（1097）起，祭出浅攻战术，在章惇堂兄章栥的主持下，宋军连续取得平夏城大捷和天都山大捷，击溃西夏五十万大军，将西夏都城门户天都山收入囊中，这是自西夏建国后，大宋最扬眉吐气的光辉一战。
这次胜利，夏崇宗吓得在深宫里哀叹，西夏使者连滚带爬跑来求和，章惇此时再度体现出一个政治家的担当：为国家财政计，接纳西夏求和，在天都山设立防区，掌握战事主动权。
这被一笔带过的历史，是北宋一百多年里文治武功最辉煌的时刻，也是章惇一生浮沉里最荣耀的一笔。
黯然落幕
就在一切看上去无比辉煌时，元符三年（1100）正月，一直信用章惇的宋哲宗英年早逝。
噩耗突发，谁来即位？向太后选定了宋哲宗的弟弟端王赵佶。一听是此人，章惇暴怒：“端王轻佻，不可君天下。”二十七年后，不幸应验。
没能阻止赵佶登基的章惇马上就被清算，连他当年要废高宣太后的旧账也被翻出来。从雷州贬到越州，崇宁四年（1105），这位一代政坛强人溘然长逝，享年70岁。
这位造就北宋盛世的强人，去世四年后曾被恢复过名誉。但再以后，北宋变成南宋，南宋高宗赵构也追责了章惇罪状，连他的子孙也不许入仕。待到南宋灭亡，背了多年奸臣锅的章惇也就成了《宋史》里的奸臣。一位造就宋朝辉煌的强人落了个这样的结局，南宋的历史走向，似乎早已注定。