藤野严九郎教书多年，脾气直而且死板，非常不擅长接待病人。好在他行医认真，两个诊所能够勉强开下去。山村居民贫穷，藤野严九郎收费很低。病人没钱的时候，他就干脆免费治疗了。虽然他的日子过得捉襟见肘，但他在当地颇受人尊重。
1919年，藤野先生45岁，妻子给他生了个儿子，取名藤野恒弥。中年得子，也算是人生慰藉。两年后妻子又生了一个儿子。
1935年，当时藤野恒弥在读高中，一天老师菅好春老先生叫恒弥过来，交给他一本书，说：“这本新出的书，是中国大文学家鲁迅先生的散文集，里面有一篇写的人叫藤野严九郎，跟你父亲的名字一样。你拿回去问问你父亲是不是他。”那年，藤野先生61岁。
那天，恒弥交给藤野那本来自中国大文豪的文集，指给他看那一篇《藤野先生》。藤野读到30年前的自己，在仙台给学生上课时的样子：我就是叫作藤野严九郎的……
那篇《藤野先生》的末尾写道：“他所改正的讲义，我曾经订成三厚本，收藏着的，将作为永久的纪念。不幸7年前迁居的时候，中途毁坏了一口书箱，失去半箱书，恰巧这讲义也遗失在内了。责成运送局去找寻，寂无回信。只有他的照相至今还挂在我北京寓居的东墙上，书桌对面。每当夜间疲倦，正想偷懒时，仰面在灯光中瞥见他黑瘦的面貌，似乎正要说出抑扬顿挫的话来，便使我忽又良心发现，而且增加勇气了，于是点上一支烟，再继续写些为‘正人君子之流所深恶痛疾的文字。”
那本文集的卷首印有鲁迅先生的照片，藤野拿放大镜慢慢看，说：“真的是周君啊！”
合上书卷后，他一个人发了好一会儿呆。最后对儿子说：“写的是我。但是，你不要跟别人说。”
藤野恒弥很听话，这么荣耀的事，也没跟别人说。但菅好春老师又问起他时，他也不好撒谎，便如实告诉了老师。菅老师过来拜访藤野严九郎，二人聊了好久。菅老师离开之后，再没跟别人提起此事。于是，虽然藤野严九郎的大名在中日两国被读书人津津乐道，却没人知道真正的藤野严九郎仍然在偏僻的山村勉强谋生。
1936年10月，文豪鲁迅的死讯在日本见报。根据藤野先生的侄子后来描述，当时藤野看着报纸上鲁迅的照片，把报纸举过头顶，拜了几拜。
年底，鲁迅的朋友小林茂雄找到藤野先生。藤野这才知道，鲁迅不只把他的照片挂在墙上，把他写进散文里，这些年还一直在找他，想见他一面，哪怕能见他的后人一面。藤野先生追悔莫及。然后，日本记者向藤野先生约稿，他写了一篇短文《谨忆周树人君》，发表在日本的报纸上。
在藤野先生的回忆里，32年前的周树人君是这样的：
“周君身材不高，脸圆圆的，看上去人很聪明。记得那时周君的身体就不太好，脸色不是健康的血色。”
关于认真修改周君的课堂笔记，在藤野先生的记忆里是这样的：“周君学习很努力，上课时非常认真地记笔记。可是我看他听日语和说日语都不利索，想必学习很吃力。于是我讲完课后就留下来，看一遍周君的笔记，把周君漏记、错记的地方添改过来。”
至于为何对周君这样特别照顾，藤野的解释是：“尽管中日甲午战争已过去多年，还有很多日本人把中国人骂为’梳辫子和尚，说中国人的各种坏话。在仙台医专也有这么一伙人以白眼看待周君，把他当成异己。我在少年时代，曾经跟福井藩校毕业的野坂先生学习过汉文，我很尊敬中国的先贤，同时也认为要爱惜来自这个国家的人。这大概就是我让周君感到特别亲切、特别感激的缘故吧。”
可是，1935年他读了鲁迅的《藤野先生》，却没有联系鲁迅，也不让外人知道。这又是为什么呢？
他说：“周君在小说里，或是对他的朋友，都把我称为恩师，如果我能早些读到他的这些作品就好了。听说周君直到逝世前都想知道我的消息，如果我能早些和周君联系，周君该会有多么欢喜啊。可是现在什么也无济于事了，真是遗憾。我退休后居住在偏僻的农村，对外面的世界不甚了解，尤其对文学是个完全不懂的门外汉。”
为什么要提自己“不懂文学”？他觉得自己以“解剖学老师”这个身份去见鲁迅，做人家文豪的师长，很不合适。
藤野先生说“偏僻”，其实心里想的是“贫穷”；说“不懂文学”，其实心里想的是“没地位”。人家是两国闻名的大文豪，又对先生怀着一颗感恩的心。而他这个先生，现在竟如此落魄潦倒。
自1907年二人离别之后，先是周树人失望于自己的状况，不肯联系藤野；后来是藤野失望于自己的状况，不肯联系周君。两厢自卑之下，这30年的跨国师生友谊，只落得照片背后两个字：惜别。
这篇《谨忆周树人君》发表于1937年3月。当年7月，卢沟桥事变爆发，日寇全面侵华。
那时日军大量购买药品，日本国内药价高涨。藤野先生的两个诊所囤有不少药，便有药商来高价求购，并说这是军队前线需要的，意义重大。藤野虽然缺钱，却一点儿都不卖，只推说当地村民还需要。
药商走后，藤野把自己的两个儿子叫过来，对他们说：“你们记着，中国，乃是将文化教给日本之先生。”
1945年1月，藤野先生的长子藤野恒弥病死在广岛。老年丧子，71岁的藤野先生极为悲伤，一度精神不振。但由于生活所迫，很快他又回诊所工作。几个月后的一天，藤野先生在工作中感觉疲惫，说要回去休息一下，却在路上晕倒，被人发现后抬回去。熬了一夜，第二天上午他便与世长辞。4天后，日本宣布投降。